分割調剤を行った場合、保険薬局では、処方箋や調剤録に必要事項を記入した上で、次回の調剤のために処方箋の患者に返却する。
同一の保険薬局において長期投薬(投与日数が14日分を超える投薬)にかかる処方箋を分割調剤した場合には、2回目以降の調剤時に、「1分割調剤につき5点」を算定することができる。
分割調剤時における2回目以降の調剤では、調剤基本料として5点しか算定できない、加算ではなく算定であるので42点が5点になる。
ただし、1回目と2回目で調剤する薬局が異なる場合は、それぞれ42点を算定できる。
自家製剤加算や計量混合加算は1調剤につき所定点数を加算することができる。
分割調剤は、処方箋の長期保存の困難、その他の理由によって分割調剤する必要がある場合に行う。